Резервную копию сделал так:

C:\mysql\bin> mysqldump -u root base > base.sql

Создаю дамп:

C:\mysql\bin> mysqldump -u root -B base mysql > base_mysql.sql

Если нужно сделать дамп сразу всех баз MySQL сервера, делаем с параметром –all-databases:

C:\mysql\bin> mysqldump -u root --all-databases > all_databases.sql